特殊经营是双方当事人基于特许经营合同的一种契约关系，故特许经营合同是整个特许关系的核心，对双方当事人而言是至关重要的法律文件，它规定了双方权利和义务以及法律地位和关系。
连锁加盟许可证申请条件包括：

1、申请主体主要的企业
2、企业拥有两家直营店
3、主营店和直营店要有相应的资质（例如：餐饮行业需要食品经营许可证）
连锁加盟许可证备案的好处：
1、特许经营备案之后，企业的招商加盟资格将在商务部特许经营信息管理系统公司，对企业招商能起到很好的宣传作用。
2、通过特许经营备案的特许经营企业比没有特许经营备案的竞争对手有更好的品牌形象。
3、避免商务部门对未备案特许经营企业高达10万的罚款，避免与加盟商发生时产生不利法律后果（例如退还加盟费、赔偿加盟商损失等）不进行特许经营备案的风险：、
连锁加盟许可证备案流程：
（1）企业网上注册：特许人企业登陆网站进行注册，点击注册按钮进行注册界面，按照提示和要求逐项填写注册信息。注册完成后，系统会自动发送登陆账号和于特许人；
（2）企业网上填报：备案企业依照《商业特许经营备案备案管理办法》第六条上传相关材料；
（3）商务主管部门审核：《商业特许经营管理条例》（国务院令第485号）第九条商务主管部门应当自收到特许人提交的符合本条例第八条规定的文件、资料之日起10日内予以备案，并通知特许人。特许人提交的文件、资料不完备的，商务主管部门可以要求其在7日内补充提交文件、资料。
（4）企业网上打印并提交：商务主管部门对企业网上的信息予以审核并通过后，企业登陆系统按照打印目录逐项打印后装订成册提交商务主管部门；
（5）商务主管部门公告：商务主管部门在收到企业提交的打印材料并与之前企业网上填报的信息核对无误后，对申请备案的企业在系统网站上予以公告。

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