在2007年5月1日以后从事商业特许经营活动的：特许人应当自首次订立特许经营合同之日起15日内，依照《条例》的规定向备案机关备案。2007年5月1日前已经从事商业特许经营活动的：特许人应当在2008年4月30日前，依照《条例》的规定向备案机关备案。
　　备案方式：
　　网上备案。通过商务部开发的《商业特许经营信息管理系统》，在网站上办理（中华人民共和国商务部网站，在主页左侧，点击进入商务部商业改革发展司子站；在右侧“在线办事”栏目下，点击“商业特许经营信息管理系统”；
　　备案步骤:
　　步：办理“两店一年”证明。2007年5月1日以后从事商业特许经营活动的，持公司总部法人营业执照，2个经营时间在1年以上的直营店的营业执照和验资报告等证明材料，到总部所在地设区的市或州商务局开具符合《条例》第七条第二款规定，即俗称“两店一年”的证明。
　　2007年5月1日以前就从事商业特许经营活动，2008年5月1日以后才申请备案的，须提交“逾期备案的情况说明”，并按照备案机关提出的处理意见执行后，经备案机关同意，方能继续申请备案。
　　第二步：获取登录号。携带相关备案材料的原件和复印件到备案机关进行资质审查，经审查合格后，原件退还备案企业，复印件由备案机关留存归档，同时，获取进入《商业特许经营信息管理系统》的登录号和登录（详见第六条备案登录号获取方式及所需材料）；
　　第三步：登录系统。在获取登录号和以后进入《商业特许经营信息管理系统》首页，在页面左上角的企业登录框中输入“用户名”、“”和“验证码”点击“登录”即可进入企业申报页面；
　　第四步：修改。如次登录系统，为了保证用户的资料安全，系统会自动要求用户修改，点击保存自动退出系统；
　　第五步：填报备案资料。再次进入系统，按照系统申报首页的五项内容要求进行填报，所有备案资料填写完毕后，点击预览及申报，在此界面，备案企业可以看到所填报的资料，经核实无误后，点击“申报备案”，即可把备案信息传到备案机关进行网上备案审核。
　　除上述备案方式外，办理人可委托相关律师团队代为办理商业特许经营备案，具体流程如下:
　　律师分析客户是否具备特许经营资格—— 签订备案服务合同——律师指导客户收集、填写备案材料——审核客户材料是否符合要求——律师向主管部门报送纸质备案材料——根据主管部门的审查意见指导客户进行材料的修改或者补充——主管部门发送申请备案登陆号——律师进行网上申报——主管部门进行网上材料申报审核——备案结果公示（整个流程一般需要3-4个月，*终时间取决于商务主管部门的审核进度）。
如果经查实,特许人确已已不具备特许经营备案条件,但未依据《条例》及《备案管理办法》的指引,办理备案信息变更或申请撤销商业特许经营备案，会下发文件撤销备案并网上公告。
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在此之前上海道与商小编要说一句的是，企业一定要符合申请办理加盟连锁商业特许备案的条件！然后才可以到商务部进行申请办理加盟连锁商业特许备案。
食品流通许可证、餐饮许可证、卫生类许可证器械许可证、消费许可证、烟草专卖许可证、出版物经营许可证、进出口许可证、网络文化经营许可证、劳务派遣经营许可证、演出经纪许可证、人力资源服务许可证、广播电视节目制作经营许可证、旅行社经营许可证、经营许可证、信息服务资格、进出口经营权、快递业务经营许可证等等许可证办理。